Cenni storici Le notizie di una chiesa dedicata a sant'Agnese risalgono almeno al 1268, e la collocano in una posizione attigua a quella dell'attuale edificio. Nel 1529, con decreto di papa Leone X, il complesso, comprendente anche il convento attiguo, dove ora trova posto l'Istituto Fabio Besta, venne affidato alla congregazione dei Canonici Regolari della Congregazione del Santissimo Salvatore Lateranense, a seguito della distruzione del loro antico convento posto fuori le mura, a San Giuseppe, distrutto nel 1518 dalle truppe della Lega di Cambrai. L'edificio, dedicato allora, come il primitivo convento di San Giuseppe, ai Santi Quaranta, fu eretto nel 1613 su disegno dell'architetto Andrea Pagnossin, in puro stile neoclassico. Nel secolo successivo, con l'abbandono della città da parte dei Canonici Lateranensi, il complesso venne incamerato dal potente Capitolo della Cattedrale, che decise, nel 1778, di demolire l'antico tempio medievale di Sant'Agnese, trasferendone il titolo all'attuale chiesa. La chiesa divenne parrocchiale nell'800. La parrocchia di Sant'Agnese oggi comprende anche il convento dei padri Carmelitani Scalzi, con la relativa Chiesa di San Giovanni della Croce, risalente al XIX secolo e progettata in stile rinascimentale da Giuseppe Segusini, nonché la cappella dell'Area "Appiani", progettata da Mario Botta nel primo decennio del XXI secolo.